
Pero el sueño alemán duró poco. Once integrantes de la delegación de Israel fueron asesinados por un grupo terrorista árabe llamado Septiembre Negro. El crimen paralizó las competiciones durante 24 horas y inclusive habían expectativas de que el evento fuera cancelado. Pero el presidente del Comité Olímpico Internacional, Avery Brundage decidió continuar. Los organizadores quisieron concentrar el máximo de pruebas en el mínimo de espacio para evitar otro caos y proteger a los atletas y el público.

En la ceremonia de apertura el 26 de agosto, hubo mucha alegría, música y colores. Surgió además la primera mascota del verano: Wald, un perro. Comenzó cuando desfiló personas que pertenecían a la entidad tradicional de Munich. Ellos se presentan cada siete años para agradecer que la ciudad haya sobrevivido la plaga de la Edad Media. Atrás venían las banderas de los países participantes y los atletas. Por primera vez en la historia olímpica una mujer, la alemana Heidi Schueller, hizo el juramento de los atletas. Durante la ceremonia, hicieron un homenaje a los muertos del campo de concentración de Dachau en la 2ª Guerra Mundial.
Al final, se hizo una ceremonia a causa de los trágicos acontecimientos durante estas Olimpíadas. Avery Brundage con 85 años leyó por última vez en dos décadas la declaración de cierre de los juegos.